Hoci by sa záhradné čerpadlá mali prevádzkovať iba s čistou vodou, časom sa tak či tak zašpinia. Čiastočky nečistôt v dažďovej vode alebo nečistoty v studničnej vode sú jednoducho súčasťou každodenného záhradkárskeho života.
Akékoľvek nečistoty najviac postihnú integrovaný filter. Filter čistí vodu, čím chráni motor čerpadla a lopatkové koleso. Aby sa filter nezanášal, je potrebné pravidelne ho čistiť. Filter môžete jednoducho vybrať a vyčistiť čistou vodou.
Rúrky a hadice je tiež potrebné raz ročne vyčistiť od nečistôt a usadenín. Na ochranu pred usadzovaním vodného kameňa si môžete zaobstarať špeciálne čistiace prostriedky alebo len použiť staré dobré čistenie pomocou octu. Pozor na to, aby čerpadlo nebolo počas údržby pripojené k elektrickej sieti!